全能神教會與基督教的教會一樣，都是因著神道成肉身的作工而產生的。基督教的教會是因著道成肉身的主耶穌的顯現作工而產生的，全能神教會是因著末世道成肉身的全能神的顯現作工而產生的，所以歷世歷代的教會都是因著神道成肉身的顯現作工而產生的。神每一步道成肉身的作工都發表很多真理，都有許多人因著神所發表的真理而接受神、跟隨神，這樣，教會就因此產生了。由此可見，教會是由接受神作工、跟隨神的人組成的，這些神選民的集合，就稱之為教會。基督教的教會是在兩千年前道成肉身的主耶穌顯現作工時產生的，主耶穌傳「天國近了，你們應當悔改」（太4：17）的道，作了救贖工作，發表了恩典時代人該實行進入的真理，有許多人都信主跟隨了主，所以產生了當時的教會。後來主耶穌的福音傳到各國各方，直到末世傳遍地極，世界各國基督教的教會都因此而產生，這就是恩典時代的教會。末世的末了時期，道成肉身的全能神顯現作工在中國大陸，在恩典時代主耶穌救贖工作的基礎上，作了聖經預言的「審判要從神的家起首」（彼前4：17）的工作，向人類打開了神六千年經營計劃的所有奧祕，發表了潔淨、拯救人類的一切真理。因著末世全能神的顯現作工，宗教界各宗各派有許多信主多年的人，終於聽見了神的聲音，看見主耶穌已經來了，作了末世審判的工作，他們都印證了全能神就是主耶穌的再來，因此都接受了全能神的末世作工。在中國大陸至少有幾百萬人（據中共政府統計有上千萬人）都接受、跟隨了全能神，所以說，全能神教會完全是因著全能神的顯現作工而產生的，是全能神親自設立的，並不是哪一個人設立的。全能神教會的每一個基督徒都認定全能神就是主耶穌的再來，就是末後的基督，是神的顯現。全能神教會的基督徒禱告的是全能神的名，讀的、聽的、交通的都是全能神的話，持守的是全能神所發表的一切真理，這些真理就是神末世帶來的永遠的生命之道。末世道成肉身的神作工，也親自設立、見證神所使用的人來配合神的作工，就像主耶穌作工時，親自選用設立十二使徒一樣，但這些被神使用的人只是配合神的作工，不能代替神作工，教會不是神使用的人設立的，神選民信的、跟隨的也不是神所使用的人。恩典時代的教會不是保羅與其他各位使徒設立的，而是主耶穌的作工產生的，是主耶穌親自設立的。同樣，末世全能神教會也不是神所使用的人設立的，而是全能神的作工產生的，是全能神親自設立、親自牧養的，神所使用的人只是澆灌、供應、帶領眾教會，盡人的本分，神的選民雖然有神使用的人帶領、澆灌、供應，但神選民信的是全能神，跟隨的也是全能神，這是任何人都無法否認的事實。全能神教會的多數人都是從各宗各派裡信主多年的人中轉過來的，他們都明白聖經，在各宗各派中見證主耶穌已經來了，就是全能神作了末世審判的工作，有許多人因著看見了全能神的話都是真理，正是神的聲音，就都接受了全能神，這些人就是第一批被提到神面前的人。全能神教會就是由基督教、天主教等各宗各派的人接受全能神的名而產生的。現在各宗各派多數人都在考察全能神的末世作工，這就應驗了聖經中的預言「萬民都要流歸這山」（賽2：2），最終所有真心信神的人都要歸向全能神，這是大勢所趨，因為這是神早已計劃好的，是神的命定，無人能改變得了！